Évezredekkel ezelőtt Tibetben már használták ezt a gyógyító technikát, Krisztus és Budha is gyógyítottak kézrátétellel, azonban a történelem viharában elveszett ez a tudás. Dr. Mikao Usui japán professzor a 19. század végén életét tette arra, hogy megtalálja a kézrátételes gyógyítás módszerét.
Hosszú évek kutatásai után végül egy buddhista kolostor mélyén a szanszkrit nyelvű iratokban találta meg a gyógyítás leírását és szimbólumait, azonban jelentésükről és használatuk módjáról nem talált utalást. Ezért meditáció útján akarta megszerezni a hiányzó tudást. Felment tehát a Kuriyama hegyre (ami Japán egyik legfontosabb spirituális és meditációs központja), és ott a böjt és meditáció 21. napján megvilágosodott előtte a szimbólumok használata, és az Univerzum energiája által megkapta Reiki mesteri beavatását. Felismerte az Univerzum energiájának erejét, és a Reiki gyógyítás jelentőségét. A legenda szerint lefelé menet a hegyről megbotlott, beütötte a lábát egy kőbe, és az elkezdett vérezni. Ösztönösen a sebre tette kezét, és ettől a fájdalom és a vérzés elmúlt. Évszázadok óta ez volt az első Reiki gyógyítás.
Kyotóban elkezdett a szegénynegyedben gyógyítani. Páciensei azonban nem becsülték meg, amit kaptak, folytatták egészségtelen életmódjukat, és így újra megbetegedtek. Usui felismerte, hogy egyensúlyt kell teremteni az „adni” és „elfogadni” között. Usui azt is felismerte, hogy a Reikit nem elég gyógyításra használni, tanítani is kell, mert csak ez által élheti meg igazán mind a mester, mind a páciens. A Reikit pedig érteni és élni kell. Elkezdte tanítani a Reikit, de kézpozíciók nélkül, hiszen a Reiki intelligens energia, megtalálja az utat a szervezeten belül, hogy a leghasznosabb módon segítse a gyógyulást.
Usui halála után utóda dr. Hayashi lett, aki gyógyító központot hozott létre Kyotoban, ahol állapotuktól függően akár éjjel-nappal gyógyították a rászoruló betegeket. Egyik paciense a Hawai szigetén élő rákos beteg Takata volt, aki gyógyulása után beavatást nyert a Reikibe, és sokáig ő maga is a klinikán dolgozott, és dr. Hayashi utóda lett. Később elhagyta Japánt, és hazautazott Hawaiiba. Unokájának, Phyllis Lei Furumotonak adta át a nagymesteri címet, aki ezt nem fogadta el, túl nagynak érezve a nagy-mesteri pozícióval járó felelősséget. Takata ekkor Barbara Weber-Ray-t ne-vezte ki nagymesterré. Nem sokkal ezután Furumoto meggondolta magát, és mégis elfogadta a nagymesterséget. Furumoto napjainkban is a Reiki Alliance, a Tradicionális Reiki nagymestere, míg Weber-Ray az A.I.R.A. nevű irányzat nagymestere lett. Ezen kívül is számos ága van a Reikinek.
1991-ben Eckhard Strohm, aki addig a tradicionális irányzatban tanult, megalakította a R.A.I.-t, a Reiki Association International-t.